可在儲存掃描影像時選擇資料格式。 應該根據影像的使用方式，以及要將其用於哪一種應用程式，選擇最適合的資料格式。
可用的資料格式會根據應用程式和作業系統(Windows或Mac OS)的不同而不同。
關於各影像資料格式的特性，請參見以下部分。
網站上通常使用的資料格式。
PNG適合用於編輯儲存的影像。
網站上和數位相機的影像通常使用的資料格式。
JPEG擁有高壓縮比率。 每次儲存JPEG影像時其品質都會稍微下降，而且不能恢復為原始狀態。
JPEG不適用於黑白影像。
以在各種電腦和應用程式間擁有相對較高的相容性為特徵的資料格式。
TIFF適合用於編輯儲存的影像。
注釋有些TIFF檔案不相容。
IJ Scan Utility支援以下TIFF檔案格式。
未壓縮、黑白二進位
未壓縮、RGB(每通道8位元)
未壓縮、灰階
Adobe Systems Incorporated開發的電子文件的資料格式。
可用於不同的電腦和作業系統，也可以嵌入字型；因此，處在不同環境的人可以交換檔案，而無需考慮差異。
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